(一)办公室。负责机关日常运转工作;负责财务、国有
资产管理、审计监督和科协项目管理工作;负责市科协机关的文明单位建设工作;负责县市区科协组织联络工作。负责市科协全委会、常委会日常工作;负责市科协组织建设工作，维护科技工作者合法权益;负责市科协社会组织行业委员会党建工作。按权限负责市科协机关和所属事业单位机构编制、干部人事、劳资管理工作;负责制定、组织实施市科协系统宣传和教育培训工作规划;负责市科协机关离退休干部管理服务工作;负责全市优秀科技人物的宣传、推荐工作;负责承办巴陵人才工程有关子项目的实施;负责市科协的意识形态、统战、纪检工作，指导工青妇等群众组织工作。
(二)学会学术部。按照《社会团体登记管理条例》，负责对市科协所属学会、科技类社会团体进行监督管理;负责高校科协的组织建设、管理和服务工作;负责县市区科协学会工作的业务指导;负责综合性重点学术交流的组织协调和指导工作;负责做好优秀学术论文的评审工作，并组织开展全市性多学科综合学术研讨活动;负责有关学会继续教育工作的组织和管理。
(三)科学普及部。负责全民科学素质纲要实施工作办公室工作，组织实施《全民科学素质行动计划纲要》；负责全市中学生五项学科竞赛;组织和推动全市城乡和企业的科学技术普及工作，组织开展全市性重大科普活动，指导科普宣传和教育;推进科普志愿者队伍、科普资源开发和科普基础设施建设工作;推进科普信息化建设;负责农村专业技术协会、科普示范基地和科普带头人、科普示范社区等联系、管理工作。承担文明创建有关工作。