1982年，东洞庭湖湿地自然保护区管理所成立，主要负责保护湿地和鸟类。东洞庭湖湿地自然保护区核心区面积6.54万公顷，有保护鸟类315种，数量达数十万羽，其中国家重点保护鸟类45种；植物800多种，淡水鱼类117种，被国际社会誉为“长江中下游的生态明珠”“拯救濒危物种的希望地”。1984年，东洞庭湖自然保护区列为省级自然保护区，管理范围为东洞庭湖及周边19万公顷的面积。

1992年，中国政府加入《国际湿地公约》，该区列入首批国际重要湿地名录。1993年11月，国务院批准该区列为国家级自然保护区，为全省唯一的国家级湿地保护区。1998年，东北亚及北太平洋环境论坛在岳阳召开，发表《岳阳宣言》，号召全世界共同保护湿地。2000年，该区被联合国开发计划署、全球环境基金确定为“中国湿地生物多样性保护与可持续利用”示范区。2002年12月5～8日，由岳阳市林业局和东洞庭湖国家级自然保护区管理局承办中国·岳阳首届洞庭湖观鸟大赛，在东洞庭湖自然保护区举行。共有12支队伍参赛，美国、英国、新西兰等国及香港、台湾、澳门地区派出观察员，德国徕卡公司、蔡思公司，日本Kowa公司，奥地利思娃诺斯基公司及世界自然基金会等12支队伍参赛。大赛以保护湿地、保护鸟类为宗旨，以保护生态环境、共建新世纪家园为主题。大赛组织200多名爱鸟志愿者自行车环城游、万人爱鸟护鸟签名、“保护湿地，保护鸟类”摄影展、少儿书画比赛及评选市鸟等活动，对推动洞庭湖观鸟旅游、提高岳阳城市品位有较大促进作用。全国32家新闻媒体，以不同形式对大赛予以全方位报道。2002～2009年，举办6届洞庭湖国际观鸟节。2006年被评为国家示范保护区。2008年，实施核心区封闭管理，启动生态恢复和保护工程，开展一系列水环境整治行动，关停234家污染企业。2007年12月，湿地保护主流化国际会议在岳阳召开，发布《洞庭湖宣言》，中国野生动物保护协会授予岳阳市中国观鸟之都称号。2009年12月，2009洞庭湖国际观鸟节开幕式上，岳阳市被授予最值得驻华大使馆向全世界推荐的中国生态城市称号。2009年，继完成1135万元国家湿地恢复项目之后，东洞庭湖自然保护区又成功向国务院三峡办争取了1200万元的东洞庭湖国家级自然保护区生物多样性保护与恢复项目。该项目是洞庭湖向三峡办争取的第一个项目，也是三峡办在其下游实施湿地保护的第一个试点项目。该项目的实施，将有利于三峡办在其下游重要湿地和通江湖泊收集科学数据，并为三峡工程开展湿地保护起到示范作用。2012年，被国家七部委授予全国自然保护区先进单位。 12月7～9日，以“让鸟儿自由飞翔”为主题的第七届中国洞庭湖岳阳国际观鸟节在岳阳举行，30支观鸟队共122名队员用高倍望远镜观赏鸟飞得更高、飞得更远，飞得自由自在。