东洞庭湖自然保护区具有独特的生态系统和丰富的自然资源。经科学考察，保护区内记录鸟类338种，其中国家一级保护的有白鹤、白头鹤、白鹳、黑鹳、大鸨、中华秋沙鸭，白尾海雕7种。二级保护的有小天鹅、鸳鸯等39种，淡水鱼类117种，其中国家一级保护的2种，二级保护的2种。野生植物和归化植物1186种，其中水生植物近400余种，国家一级保护的3种，二级保护的31种。淡水哺乳动物有国家一级保护的白暨豚和二级保护的江豚；其他水生动物68种。东洞庭湖自然保护区丰富及独特的自然资源，被世界自然基金会确定为全球200个生物多样性热点地区之一，被誉为“世界巨大基因宝库”、“拯救世界频危物种的希望地”和“人与自然和谐共处的典范”。

2011年，东洞庭湖自然保护区以生态项目强基础，以生态平台强合力，以生态品牌强影响，以生态示范强地位，湿地生态环境逐步改善，生物多样性保护成效十分明显。

 

【项目建设夯实保护基础】 2011年，东洞庭湖自然保护区通过四大项目，落实项目资金2760万元，进一步加大东洞庭湖生态建设力度。一是国务院三峡办生态示范工程项目。该项目是保护区争取的行业外最大的项目，项目资金1200万元，项目结束后，保护区的采桑湖区域形成集观鸟、宣教、旅游、科研、保护等于一体的综合性保护站，并将逐步向湿地保护示范区过渡。二是中国环科院生物多样性监测项目。每年60万元项目资金，用于江豚、麋鹿、鱼类、鸟类、植被和东方田鼠的生物多样性监测。三是湿地补助资金项目。资金300万元，用于湿地恢复与保护。五是保护区基本建设（二期）项目。该项目资金1200万元，得到国家林业局批复。

 

【共研共管凝聚保护合力】 2011年，东洞庭湖自然保护区一是与中科院亚热带农业所共同建立洞庭湖生态监测站，共同加强湿地功能性、生物多样性和水位管理适应性三个领域的研究合作。二是与中国环科院合作，实施江豚、麋鹿等物种监测，在丁字堤管理站修建洞庭湖野外监测台站，共同开展包括水文、水质等在内的多种监测活动。三是与三峡办加强在新的江、湖关系形势下，关于湿地生态修复、物种监测与保护等内容的对接，扩大合作范围，建立生态保护资金平台。四是与世界自然基金会、全球环境基金、联合国粮农组织等国际组织建立良好的合作机制，借鉴国际经验助推工作开展。五是与君山区、岳阳监狱、君山公园等建立“1+5”区域合作组织，定期召开联席会议，加强沟通和合作，共同保护东洞庭湖湿地。通过开展“围绕一个洞庭湖，建立十个生态乡镇和生态学校，聘请百名协管员，招募千名志愿者，成立万户生态家庭的“个十百千万工程”，营造全社会参与湿地保护的氛围。

 

【封闭管理形成保护示范】 2011年，东洞庭湖自然保护区将大小西湖及壕沟划为封闭管理区以来，保护区成立专门的封闭管理办公室，负责该区域的管理工作，广泛开展宣传教育，科学开展水位调控，严厉打击非法偷捕偷捞、垂钓等破坏湿地资源行为，取得显著成效，栖息地质量明显改善，鱼类资源不断回升，鸟类的种类和数量也明显增多。大小西湖封闭管理的成功经验被世界自然基金会（WWF）列入长江流域湿地保护的十大经典案例之一，成为全国湿地资源保护经验示范，在全国湿地保护行业广泛推广，并产生重大影响。