2006年，针对地方海事工作面临的困惑和问题，市地方海事局党委全力推动4项改革，规费征收推出以沙石运输市场为试点，以实征到位为目标，以征稽分离和丈量船舶实载吨位为手段的规费征收管理体制改革；按照省地方海事局规费征收工作征稽分离的原则要求，年初推行规费征稽体制改革。先把南岳坡海事处一分为二，将规费稽查职能分离出来，成立局稽查大队，实行征稽分离；9月，为彻底解决稽查不到位的问题，再将稽查大队一分为二，成立2个执法大队，公正执法、阳光稽查、相互监督，在为船户优惠规费近千万元的基础上，规费征收比上年增长30%。一批优秀的青年干部相继走上领导岗位，其中有6人走上主要领导岗位。两级班子的凝聚力、战斗力、号召力和执行力大大增强；财务管理试行“预算管理、集中核算、超收分成”为主要内容的财务管理体制改革，充分调动基层单位科学理财的积极性，各基层各单位实际使用资金比前三年平均数增长148万元。人事管理试行竞聘公选、述职测评、岗位交流和有错无为问责等办法；收入分配制度向“出勤满、责任重、贡献大”的人倾斜，充分调动干部职工的积极性。