1998～1999年，在连续遭受特大外洪内涝灾害的情况下，全市水产业仍然显示出顽强的发展势头。1998年放养水面100.5万亩，完成水产品产量 23万吨，比上年增长2%。1999年，全市放养水面达到100.55万亩，其中精养水面达到34.56万亩；发展名特水产养殖98.93万亩；孵化鱼苗 36亿尾，生产鱼种7.5亿尾，投放鱼种4.45亿尾、34579吨，水产品产量比上年增长6.8%，达到24.58万吨，连续11年蝉联全省各市州冠 军。1998年、1999年全市渔业产值分别达到11.35、12.2亿元，增幅分别为2%和8%，渔业占整个农业的比重，由1998年的16.9%上升 到1999年的17.6%。
    1999年，全市水产行政、事业单位新增2个，达到31个(其中生产主管机关10个)，年末共有干部职工505人，乡镇、村办渔场511个，养殖 水面逐步向养鱼能手集中，渔业生产向规模化发展，养鱼专业户24557户，家庭养鱼户126721户，养殖水面16万亩。
    1998～1999年，全市水产业发展的主要特点：一是发展地位高。1998年春，时任市委书记张昌平赴北京汇报的第一个项目就是水产产业化建设 项目。4月，市委、市政府组织市直各部门、各县(市)区场分管养殖业的县级领导和畜牧水产局局长一行30多人，专程赴广东进行以水产为主的专题考察，并借 广东现场，召开了全市养殖业工作会议。会后，全市迅速掀起水产开发的新热潮。1999年新年伊始，市委、市政府将水产苗种等农业种苗工程列入全市1999 年经济和社会发展的八件大事，并组织以主管农业的市委副书记、副市长牵头的养殖业领导小组。市政府连续两年将水产批发市场建设列入全市主抓的八件大事，从 人力、物力、财力上给予重点扶持。二是开发效果好。在部分湖区渔业主产区，改变过去传统养鱼方式，普遍推行配合饲料、全价颗粒饲料养鱼，实行机械增氧、轮 捕轮放等新技术，提高了综合养殖效益。1998年，湘阴县部分高产区精养亩平单产628公斤，纯利润过千元。全市共有水库、湖泊46万亩。1998年共吸 引湖库开发资金1.2亿元，湖库增产6800吨。1999年，全市精养池塘共产鲜鱼13.91万吨，占全部水产品产量的56.5%。中国蓝田公司在临湘建 立100万羽蛋鸭基地，在中小湖泊中进行“猪——鸭——鱼”立体开发，仅猪粪和残饵一项，每年增产鲜鱼2000多吨。是年，河蟹养殖在市境显得尤为红火， 辽、沪、苏等省市已在市境形成河蟹开发辐射带。市水科所与天津联合培育蟹苗、蟹种，还与临湘市冶湖、云溪区芭蕉湖联合养成蟹，初步形成河蟹一条龙开发格 局。名特水产养殖是全市水产结构调整发展重点，除河蟹、牛蛙、甲鱼、淡水白鲳、乌鳢等原有品种继续得到稳步发展外，俄罗斯鲟也被引进市境水域，湘云鲫 (鲤)、大口鲶、牛蛙为搞活湘阴、华容、临湘的地方经济作出了重要贡献。在此基础上，全市范围内形成一批名特水产养殖小区，其中尤以岳阳县中洲渔场的河 蟹、城关的乌鳢、三荷的牛蛙养殖小区和华容注市八千的甲鱼小区、东浃河名优鱼小区以及治河渡星光村牛蛙养殖小区等独具特色。三是市场流通活。1998、 1999年，洞庭渔都建设被市委、市政府列为全市八件大事之一，完善了市场管理机制，加快了市场建设配套，改造了交易门面、大厅、沿湖道路、渔港码头等硬 环境，先后吸引140户鲜鱼户、185户干鱼户入场交易。1999年，共完成干鲜水产品交易4.3万吨，渔业和第三产业经营产值4.34亿元。黄盖湖农场 投资80万元，建起一座日速冻水产品10吨、冷藏100吨的小型冷库，有效地缓解了渔民年底集中卖鱼难的压力。
    但是，由于重复受灾，灾害创面大，渔业恢复生产难度大，渔民对渔业投入有顾虑；其次，水产品价格一度比较低迷，水产养殖比较效益下降，一定程度上 影响了渔民的养殖积极性；同时，由于不少国有渔场仍沿袭计划经济时期的统资统管模式，市场经济发展极不协调，普遍出现亏损。