1998年特大洪水灾害的直接原因是受厄尔尼诺和拉尼娜现象影响，气候异常，连降暴雨。暴雨的特点：一是雨季提前。3月上旬，湘江流域普降暴雨，湘江尾间的沙田垸铁角嘴站3月10日水位达34.73米，超警戒水位0.23米，岳阳市比往年提前1个月进入汛期。二是降雨时段集中。6～7月全市平均降雨850毫米，占汛期总雨量的61%；4、8、9、月全市平均降雨量327毫米，占汛期雨量的23%。三是降雨强度大。四是暴雨中心稳定少动。暴雨中心重复出现在长江中上游、湘西北地区，以及浏阳河、沩水、捞刀河、汨罗江、新墙河流域，岳阳、平江、汨罗、湘阴等地6月12～27日连续3次遭受特大暴雨袭击，月均降雨达300毫米，比常年6月份偏多40%。
    受强降雨的影响，全市山塘、河坝蓄水暴满，水库水位急剧升高，19座大中型水库全部超过汛控水位。6月29日全市总蓄水量达到17.7亿立方米，占应蓄量的98%，63个大小堤垸、1068公里大堤全部超过危险水位，35个骨干内湖均超过高控水位。8月下旬，华容、君山、钱粮湖、建新、北片的岳阳、临湘、云溪、黄盖湖等地堤垸全线超历史最高水位，湘阴、汨罗、屈原各堤垸除岭北、沙田超历史最高水位外，其余均接近历史最高水位。境内长江沿线各水文站水位分别超历史最高洪水位0.56～1.37米。
    在湘、资、沅、澧“四水”先期发生特大洪水，洞庭湖水位居高不下的同时，长江又出现超历史的特大洪水。长江6月1日～8月31日通过宜昌的洪量达3045亿立方米，大于1954年同期的2975.8亿立方米，大大超过1996年同期2130.8亿立方米。6月26日7时～29日2时，江湖第一次洪峰叠加形成巨大流量，城陵矶从31米防汛水位窜升到33.08米危险水位以上。6月底到9月初，四水多次洪峰与长江出现的8次洪峰叠加，形成洞庭湖的5次洪峰。7月6日4时，城陵矶水位达34.52米，出现是年的第一次洪峰，超危险水位1.52米。长江第二次洪峰向下推进时，7月17日10时，城陵矶水位从33.55米起涨，至7月20日17时，洪峰水位33.86米，超危险水位0.86米。在澧水、沅水发生大洪水的同时，长江于7月24日20时出现第三次洪峰，洪峰流量达52000秒立方米，23日20时，洞庭湖最大入湖流量63400秒立方米。7月27日17时城陵矶出现第二次洪峰，水位35.48米，超历史最高水位0.17米。7月29～30日，湘、资、沅水尾闾地区和洞庭湖区降雨，洞庭湖水位再次上涨，城陵矶水位从30日6时的35.23米回涨，至8月1日3时出现第三次洪峰，水位35.53米，超历史最高水位0.22米。长江干流在8月出现第四至第八次洪峰，宜昌洪峰流量在56300～63600秒立方米之间；城陵矶8月9日12时出现第四次洪峰，水位35.57米，超历史最高水位0.26米。8月13日13时，城陵矶出现洪峰，水位35.37米。8月20日，长江最大一次洪峰第六次洪峰正好与澧水、沅水的洪水相遇，形成洞庭湖第五次洪峰，城陵矶水位20日16时达35.94米，超1954年水位1.39米，超历史最高水位0.63米，全市湖区1068公里一线防洪大堤全面超过危险水位，其中696.73公里超历史最高水位。
    汛期洞庭湖入湖水量达2402亿立方米，较常年偏多23%。出湖总量为2831.4亿立方米，较历年均值2455亿立方米偏多15.3%。
    洪水主要特点：
    一是入湖流量大，洪峰次数多。据省水文部门测算，6～8月长江干流宜昌以上的洪量和洞庭湖区间产水量超过1954年。6月1日～8月31日长江来水通过宜昌的洪量达3046亿立方米，比1954年同期洪量多70亿立方米。6～8月洞庭湖区间产水量246亿立方米，比1954年同期洪量多56亿立方米。四水和长江洪水源源不断地大量倾灌洞庭湖，8月17日三口最大入湖流量达18934秒立方米，加上四水入湖流量，总入湖流量达63800秒立方米，致使城陵矶连续出现5次洪峰，其中4次超过历史最高水位。二是洪水组合恶劣，水位连超历史。由于长江连续出现流量在52000～63600秒立方米之间的8次大洪峰，及湘、资、沅、澧四水暴涨，洞庭湖多次叠加，城陵矶水位连续出现五次大的洪峰。据统计，自7月6日的第一次洪峰到8月20日的最高洪峰，平均不到10天就有一次新的洪峰，而且一峰高过一峰。城陵矶8月20日14时，水位高达35.94米，超过1996年0.63米，超过1954年34.55米水位1.39米。三是长江顶托严重，高洪持续时间长。长江干流螺山站是年最大泄量仅68600秒立方米，比1954年减少1万多秒立方米，使城陵矶出湖水量减少，形成严重的上压下顶之势，在最高水位35.94米时，城陵矶出湖流量仅28800秒立方米，比1954年最高水位34.55米时的出湖流量减少1.5万多秒立方米。超额洪水达160亿立方米。受长江洪水顶托，城陵矶自6月29日超过33米危险水位至9月14日退出，维持时间长达78天。超过34.55米的高危水位持续45天，超过历史最高水位35.31米的时间长达29天。