1996年7～8月，岳阳百年不遇的洪涝灾害使全市交通系统直接经济损失达21347.79万元。洪水冲毁路基109.38公里，28.83万平方米；冲毁砂路面1659.6公里，501.67万平方米；冲毁油路面139，64公里，34.15万平方米；冲毁水泥路面8.25公里，4.19万平方米。桥梁全毁51座，981延米；局部毁坏145，座1514延米。公路护坡毁坏167处，9.5万平方米；挡土墙毁坏473处，9.6万立方米；坍塌方845处，26.87万立方米。洪水中断公路交通103条，107国道、106国道、省道1809线、1825线、1869线、1834线、1870线均遭不同程度的水毁。华容团洲、幸福、隆西、三合以及钱粮湖南垸等75个大小堤垸溃决后，垸内54条449.84公里公路悉数被毀。交通运输企业，被淹仓库46栋，2.39万平方米；被淹货场87处，15.2万平方米；被淹货物16.1万吨、车间601间、各种机械设备1209台套。103个码头先后全部被淹，港埠作业全部停止，中断客运班线142条。洪水造成企业直接经济损失7862.89万元，其中直接经济损失在100万元以上的13个。全市交通系统受灾职工2234户8224人，占全系统职工总人数的48.5%。
    面对历史罕见的洪涝灾害，交通系统发扬团结协作，无私奉献的行业精神，担负起全市抗洪抢险一线车船、砂卵石调度的重任，共调度客车1580台次，客船91艘次；货车3.7万台次，货船1230艘次；抢运灾民22.04万人，抢运防汛救灾物资36.78万吨。公路部门先后成立21个抢险突击队，调集车辆358台，对险工险段紧急抢修，尽快恢复交通，确保了公路主骨架和抢险救灾路的畅通。交通企业干部职工开展生产自救，共紧急转移水泥、煤炭、药品等价值3000多万元的仓储物质，妥善安置受灾职工及家属5600多人。洪灾过后，交通系统全力以赴抢修水毁工程，为灾区捐款63.96万元，捐赠衣物3.47万件。帮助灾民恢复生产。是年，市交通委员会被省政府评为抗洪抢险先进单位，市道路运输管理处、市港口航务管理处被市政府评为抗洪抢险先进集体。