1994年9月，中共岳阳市委岳发［1994］23号文件通知，岳阳市医药管理局成建制转为岳阳市医药集团总公司，保留岳阳市医药管理局。1996年7月，市编委明确市医药管理局为市直医药工商企业的行政管理机构和全市医药生产经营行业主管部门，负责全市中西药品、医疗器械、生化制剂、卫生材料、医药包装材料等行业管理。各县(市)药材(医药)公司均组建为医药总公司，并加挂医药管理局牌子，实行一套班子办公。1996年，全市医药工业42家(纳入统计的17家)，医药商业企业10家(纳入统计的7家)，职工总数6564人，固定资产净值24376万元，全年完成工业总产值5.74亿元。主要做了以下工作：
    一、深化企业改革。岳阳市制药一厂在1995年被列入全省建立现代企业制度改革试点的全国52家企业之一，于1996年元月改制为岳阳制药有限公司。并通过兼并、收购、托管、参股、分立等方式，积极筹建岳阳康神药业集团，为实现大医药、大集团战略、大产业、生产要素优化组合迈出了一大步。同时，湘阴县医药局的中药材公司和综合经营公司以及临湘市医药局的中药材公司均实行破产重组，有力地促进了医药业的发展。
    二、进行技术改造和产品开发。全市医药工业企业积极调动各方面力量，多渠道组织项目开发，投入技改资金2000多万元，新上了市制药三厂的制剂生产线、市制药四厂的小输液生产线，岳阳制药有限公司和临湘合成药厂合资合作上了丁氨卡那生产线。新开发了前列舒通颗粒剂、核糖霉素、青霉素V钾等7个新产品。岳阳制药有限公司生产红霉素菌种和螺旋霉素扩产投资1.19亿元的项目列进了国家“双加”笼子，项目已通过国家医药局、省经贸委可行性评估和市环保部门组织的环保评估。
    三、加强药品质量管理。全市医药行业认真贯彻《药品管理法》、《产品质量法》，积极推行GMP和GSP标准，加强质量管理和监督，全市医药工业17个QC小组，其中获得部优1个、省优2个、市优2个。同时获得部优产品14个、省优64个。单硫酸卡那霉素、乙酰螺旋霉素均采用国际先进标准，获得了国家技术监督局的“双采”标志。卡那霉素被定为全国出口免检产品。产品质量合格率和稳定提高率均达100%。医药商业严格质量检验，严把药品进货关、销售关，及时处理过期失效药品，确保了药品质量，在市场整顿和打假扫劣活动中，国有医药商业没有发生一起假冒伪劣药品。
    四、整顿医药市场。全市医药行业认真贯彻《药品管理法》、国务院《关于进一步加强药品管理工作的紧急通知》及上级有关指示，加强了医药市场的整顿工作：一是整顿和规范了市区花板桥中药材专业市场；二是结合换发《药品生产(经营)企业合格证》，逐个审查了医药生产经营企业，到年底，全市已换发证的工业企业37个，商业批发企业42个，零售企业260个。三是认真贯彻省医药局制定的《湖南省医药系统内部管理十不准》(不准无证生产经营药品；不准销售伪劣药品；不准越权发放《药品生产(经营)企业合格证》；不准向无证非法生产经营药品的单位、个人提供医药原料(中间体)和购销药品；不准在药材集贸市场和农贸市场购销除允许上市的中药材以外的中西药品；不准将“三证”和专用发票转给他人从事药品生产、经营；不准借联合、联营名义支持非法生产经营；不准将药品生产企业出卖、包租给个人(含私营企业)经营；不准零售企业超经营方式从事药品批发；不准工商企业竞相回扣、滥给好处费，规范了生产、经营秩序，并积极开展了清查药品“回扣”工作，纠正行业不正之风，治理行业“内乱”。