农村合作基金会采取股份合作制形式，实行理事会领导下的主任负责制，设立监事会和会员代表大会，由农村经营管理部门主管，接受人民银行监督，严格执行国家有关政策。市、县联合会对下行使领导、管理、协调、监督、服务职能，基本形成网络体系，各基金会之间实行独立核算，自主经营，自负盈亏。资金投放坚持“三为”(即为农业、为农民、为农村经济)服务宗旨。1993年1月，市委办、市政府办发出《关于全面建立和认真办好农村合作基金会的通知》，10月召开县(市)、区、场书记会议作全面部署，1995年6月，市人大常委会议专题审议，市农经部门组织开办农村合作基金会。到1996年底止，全市有148个乡(镇)、1800个村(分别占全市乡村总数的86%和58%)建立了合作基金会或代办站，市和8个县(市)、区建立了联合会。共筹集可融通资金4.8亿元，其中会员股金3.6亿元、代管资金1.2亿元。仅三年时间，累计投放农业资金近12亿元，对支持和促进全市农村经济发展起到良好的作用。