清代，岳阳楼遭受过水患、火灾、兵燹，今见诸史籍的兴废18次。

    第一次修楼为顺治七年（1650）。据杨翔凤的《岳阳四纪序》载，“复毁于顺治，相去不十余年”。以崇祯十二年计，相去不十余年，即为顺治五年左右。时过两年，即顺治七年，知府李若星重修；御史上官铉写有《岳阳楼记》（已佚）。

    第二次修楼为康熙二年（1663）。在顺治十四年左右岳阳楼毁于“火燔”。清嘉庆《重修一统志·岳州府古迹》载：岳阳楼自明成化年间（1465—1487）以后，屡圮，康熙二年（1663）重建。

    第三次修楼为康熙八年（1669）。康熙二年重建后因城倒塌而毁。湖北江夏人杨兆杰于康熙五年写有《岳阳楼旧址赋赠苏太守》诗：“岳阳楼已委荒芊，太守风流玉局传。乍扫荆榛罗鼓吹，定招云鹤下神仙。千钟酒注三江水，一叶舟浮万里天。眼底湖光书不尽，君山倒影入前川。”诗中的“苏太守”即苏之升，康熙五年（1666）任岳州知府。至康熙八年（1669），知县李炘重建城楼，建成四门：东曰迎晖，南曰迎薰，北曰迎恩，西乃岳阳。岳阳楼也得以重建。

    第四次修楼为康熙二十二年（1683）。康熙十三年（1674），吴三桂部吴应麒占据金鹗山。筑垒穿壕，自下山绕城北九龙堤（在岳阳楼500米处），周二十里许，城垣多颓圮。吴三桂战乱平息后，屡加修补，卒难完固。康熙二十二年四月，岳阳西门遭大火，又受破坏。岳州知府李遇时当即倡议：“捐资葺岳阳楼”，得到老百姓的拥护而“民尽乐输”，二十三年正月十五日竣工。这次修楼除重建主楼外，还在楼右的净土庵废址上，构室三间，“召屠栖之，则以循古以为辙”；在楼左仙梅亭的废址上重建仙梅亭，“以副厥名”。楼成之后，李遇时写有《重修岳阳楼记》，邑人杨柱朝写有《重建岳阳楼记》和《仙梅亭记》。

    第五次修楼为康熙五十四年（1715）。康熙二十七年，岳阳楼毁于大火。以布衣召试博学宏词科，江苏吴县人潘耒有《登岳阳楼故址，时楼毁于火》诗：“范公楼记杜公诗，少小名区入梦思。准拟快临图画地，何期正遇劫灰时。湖烟漭漭笼荒堞，江月亭亭照断碑。好语使君重缔构，子京名迹至今垂。”康熙四十年，知府孙道林不忍胜景泯灭，倡建修葺岳阳楼，未及竣工，被洪水冲塌。康熙五十四年，巴陵知县王国英“奉文修葺”，重新恢复了岳阳楼。查考史籍，这一时期岳阳楼的建筑形制发生一些变化，顺治、康熙时期的画家龚贤、石涛所绘《岳阳楼图》存照见证。

    第六次修楼为雍正四年（ 1726）。这年巡府布兰泰拨银重建岳阳楼，嗣后几年，又为洪水冲溃。湖南益阳人郭远游岳阳楼时，写下《吊岳阳楼故址》，记载了所见所闻：“万古波光一叶秋，眼前不见岳阳楼。青枫摇落江城在，白草依稀麋鹿游。天地无情空昼夜，古今有恨任沉浮。月明今夜还闻笛，曾否仙人在上头？”

    第七次修楼为乾隆五年（1740）。经湖广总督班第奏明朝廷，拨舵杆洲的岁修银6000余两修缮岳州府城垣，并重建岳阳楼，由岳州知府田尔易、巴陵知县张世芳重建。湖广总督谢济世撰《重修岳阳楼记》云：“其年冬，巴陵张令世芳，遵檄兴工，匝城堞墉，缺者补之，三樵栋宇，旧者新之，维斯楼也，构石楠以造之，其高五丈，其制三层，通费白金六斤有奇，明年而告竣。”谢济世的好友，湖南平江人童先及吟有《重修岳阳楼落成，偶登纪盛》诗，对新修的岳阳楼也作了简单的记述，仅标明大致形制。这些记载表明岳阳楼重建后的建筑结构在清代初期的基础上仍恢复了宋代的模样，“其制三层。”黄凝道在乾隆十一年主持重修《岳州府志》，对乾隆五年重修的岳阳楼作了较为详细的记载：岳阳楼“在府城西门上。今制：楼基横长二十一丈有奇，直广七丈有奇；楼五间，宽五丈一尺，深四丈一尺；架楼二层三檐，连顶高四丈一尺；左有仙梅亭，右有宾馆、馔房。”从该志舆图中载的《岳阳楼图》画面上看，岳阳楼建筑群在岳阳门上，该段城墙平台宽广，四面环以石栏。内檐墙门洞南侧，设有登楼的踏道，踏道左侧为仙梅亭，右侧为岳阳楼。岳阳楼为三层三檐四角攒尖顶建筑，三层檐面各有四条垂脊，曲线优美，屋角昂翘，垂脊上各有脊饰。宾馆和馔房在岳阳楼右侧，为一个四合院式的单层建筑群组。岳阳楼基左右的城墙上为雉堞，可见这次修葺规模之大。

    第八次修楼为乾隆七年（1742）。黄凝道新任岳州知府后，第二年，他在前任知府修葺岳阳楼的基础上，对岳阳楼进行小规模的修葺，请刑部尚书、大书法家张照重新书写了范仲淹的《岳阳楼记》，无名氏雕刻家雕刻在高9.5尺，宽12.5尺的12块楠木匾上，嵌在岳阳楼的二楼，流传至今。并修了岳阳门，门洞为拱券形，长42米，高4米，宽2米，麻石铺砌，一条狭长的甬道，直通前部的拱形大门。西面门洞额嵌青石横匾，黄凝道亲笔题写“岳阳门”三个正楷大字，刻石嵌在岳阳楼下的城门之上。在岳阳楼北侧装修了供人宴集、吟咏的宾馆，受到时人的好评。乾隆十年（1745）任湖南学政的浙江人汪师韩写有《岳楼宾馆》诗赞曰：“名楼侧畔架修椽，苔经新开锦砌边。风转一帆明需日，筳铺四座隔尘烟。诗添好句唐音近，手补遗文宋代前。驻节留题多达者，最传胜事满南天。”乾隆十二年（1747），黄凝道又主持重修了岳阳门。

    第九次修楼为乾隆四十年（1775）。据清同治《巴陵县志》载：乾隆三十九年，知府兰第锡、知县熊懋奖奏请重修岳阳楼城垣，经湖南巡抚梁国治、按察使觉罗敦福、布政使农起先后具奏，共拨帑银六万九千八百二十两三钱二分，委熊懋奖等分段修葺。第二年修葺岳阳楼，并于岳阳楼右侧“别建望仙阁（今三醉亭），未几阁圮”，后复建仙梅亭，奠定了“一楼两亭（阁）”的格局，使岳阳楼更加端庄雅致，高峻奇伟。

    第十次修楼为嘉庆六年（1801）。据《巴陵县志》载：嘉庆六年由邑人捐资，对此楼进行小修。三年之后，嘉庆九年编修的《巴陵县志》上刊印一幅《岳阳楼与君山图》。从整个画面上看，岳阳楼的下部结构以及城墙被环绕的树丛隐去，无法显露出来。但岳阳楼上部为重檐前轩（抱厦），恢复了明代初期的岳阳楼形制。

    第十一次修楼为嘉庆二十五年至道光元年（1820—1821）。据《巴陵县志》记载：新任岳州知府翟声焕登城巡视，“目睹岳阳楼渐就倾圮，恐其久而难理”，就与巴陵知县陈大纲共同“敦请绅耆劝捐补葺，不数旬，而灿然改观。惟是境接洞庭，栋基崩裂者亦复不少。”这时，翟声焕已改他任，新接替的是志勤，又组织重修岳阳楼泊岸。巴陵知县陈大纲作《重修岳阳楼泊岸序》，记录了整修泊岸的情况。

    第十二次修楼为道光九年（ 1829）。这年巴陵知县徐琨重在候补岳州知府吕恩湛的支持下，倡议邑人捐资小修。吕恩湛撰《重修岳阳楼记》记述了小修过程。

    第十三次修楼为道光十九年（1839）。春至，阴雨连绵，岳阳楼基浸灌坍塌。岳州知府翟声诰为重修岳阳楼，“莫辞厥责”，动员商民捐资，于加固楼基，创建斗姆阁，保护仙梅石做了大量工作，重点是“固其址而培其基”，拆修湖边码头，修缮楼下瓮门，左右各修三层石堤，复修了望仙阁，更名为斗姆阁，用以祭祀北斗星神。在仙梅亭左建景燕楼，以景仰张燕公而命名，不久废坏。翟声诰写有《重修岳阳楼记》，记述其修楼的经过及其费用来源。岳阳楼这次重修后，还请了安徽省休宁县的米商、大书法家汪涛用碎布蘸墨大书“岳阳楼”三个大字的匾额，挂在主楼的正前面，装点岳阳楼，使人赞不绝口。

    第十四次修楼为咸丰二年（1852）。岳州知府廉昌、巴陵知县胡方谷于西门外旧址建月城，北起小西门，南抵天皇巷，辟一门曰金潭门，费帑三万两。此次建月城、辟金潭门时，对岳阳楼进行了修葺。楼成之后，湘阴郭崑焘写有《岳阳楼》诗：“卅年八度此登楼，回首苍桑耿百扰。乱后亭台新结构，眼前风日旧清幽。岷山西合荒荒远，湘水南来滚滚流。独倚危栏愁极目，长沙云气接巴丘。”

    咸丰中期，清兵与太平天国军在岳州交战十多次，楼阁遭到破坏。到咸丰十一年时，巴陵人、新化教谕张垚写的《辛酉秋，司锋辰郡俸满假归，偕同人登岳阳楼晚眺有感》和时人周耀祥《九日偕友人重登岳阳楼》诗，所反映的便是“荒烟颓壁认苍茫”和“楼阁惊心半劫灰”的凄凉景象。

    第十五次修楼为同治六年（1867）。同治初岳阳楼当有小修，至少增补了匾对。窦垿作《七登岳阳楼》诗，他在道光三十年（1850）作长联，同治二年（1863）十一月六登岳阳楼未见刻出，同治三年七登岳阳楼时已木刻张挂。同治六年，湖广总督曾国荃拨岳卡厘税，对岳阳楼的斗姆阁进行全面修缮，将主楼恢复旧观，使之焕然一新。并根据传为吕洞宾所撰的“朝游百粤暮苍梧，袖里青蛇胆气粗。三醉岳阳人不识，朗吟飞过洞庭湖”诗意，将斗姆阁改为三醉亭，又从岳阳楼二楼辟一阁道通三醉亭，并修葺仙梅亭。　　

    第十六次修楼为同治十二年（1873）。岳阳楼楼基因湖水冲刷，呈溃圮之势。同治十二年，新任岳州知府张德容，与巴陵楼西湾人、两淮盐运使钟云卿商议，由钟捐银三千缗，加固岳阳楼楼址。事成之后，张德容写有《重修岳阳楼宸翰亭记》记其事：“余来守兹土，见其址为水所齿，殊有溃圮之惧。商之于廉访钟君云卿，慨然以三千缗属江右符君秉忠，庀工而修复之，而楼址赖以巩固。资有余，则傍有亭，为陶文毅公敬勒宣宗成皇帝宸翰之所，前已倾圮并重建焉！”

    第十七次修楼为光绪三年（1877）。从同治七年至光绪初年，岳阳楼有损无修，呈现出衰败景象。包家吉所著《滇游日记》云：“光绪乙亥（1875）七月二十五日岳阳楼在岳州金潭门上，平台石槛，建楼阁三层。年久失修，故不堪壮丽，楼下断碑残碣，纵横满地。”

光绪三年，新任知府黄河青主持进行小修。岳阳楼今存的黄河青刊刻的《孚佑帝君遗像》碑有载：“光绪丁丑（1877），奉命来巡是邦，西城岳阳楼为帝君停云地，因筹款筑城并加修葺。工竣摹刻原像于石。”

    第十八次修楼为光绪六年（1880）。因光绪三年只是小修，加之水害，不久，岳阳楼就出现“楼基坼裂”的严重现象。光绪五年，张德容第二次出任岳州知府。次年，主持重修岳阳楼。这次修楼是清代最大规模的一次修楼。为了避开洞庭波涛，将岳阳楼、仙梅亭、三醉亭后移六丈多，楼顶屋面皆以大琉璃筒瓦饰盖，瓦与瓦之间全用桐油石灰调黏，隔瓦则以铁铆钉连结，十分牢固，暴风难揭，滴水不漏。楼前的石砌泊岸和城墙上的雉堞，都用糯米粉调瓷灰修砌，刀斧不能入。张德容《重修岳阳楼记》载：“光绪己卯，楼基坼裂，及大有倾圮之势。中丞邵公命葺而修之，经费未集，而容以考绩北上。既而回岳，德化李公来抚湘中，命以茶厘为修楼之资，其不敷者，劝四邑绅富足之。于是巴陵彭封翁名沅，平江李方伯元度，皆乐为之倡；而巴陵郭绅志夙、刘绅鼎、钱绅荫臣，平江凌绅文奎、李绅盛勋，临湘李绅询、高绅登玉，华容张绅钧、严绅其龄，实襄其事。而彭、郭二绅尤任其力，其监而督之，则容与巴陵姚令诗德，不敢告劳焉！乃于原基之后，加筑六丈有奇，建正楼其上，左仙梅亭，右则三醉楼，皆视旧制有加。前临洞庭，为之驳岸以御水，楼之左右各增施二楹，为登楼者憩息之所。其楼前雉堞亦加坚筑，以固吾圉焉！自庚辰正月经始，十二月告成，费金钱二万缗。”

    此次改建，将楼体后移六丈多，不仅解决了楼基免遭湖水波涛冲刷的老问题，而且保留了岳阳楼康熙年间（1662—1722）形成的三层形制，奠定了楼与仙梅亭、三醉亭呈“品”字形格局，古楼为抬梁式木构架盔顶建筑，如古代武将的头盔，飞檐翘首，曲线流畅，更加宏伟壮观。