清代,境内书吏整理档案的方法因人而异,并且极为保密,或父子相传,或师徒相承。光绪二十七年(1901)以后,改由司员整理档案,按地区、作者、问题和档案重要程度等分类,一月或一季立卷1次。

民国初期,各单位的档案整理立卷工作由管卷室统一进行,档案分类原则不一致,或按科室,或按业务项目,或按问题、文种等进行分类。每届县长任期内形成的档案在县长卸任时集中立卷1次。民国18年以后,改为每年立卷1次,立卷时先按文件性质分类,每类文件按形成的时间顺序进行排列,然后装订成案卷。档案与资料分开进行整理。档案销毁有明确的规定,县政府管卷室销毁档案要经过县长审核,由省民政厅核准并派员监销。

30年代初,有的单位开始采用十进位法分类立卷。管卷室根据职掌(以此为主)、机构、地域、作者等分类原则,按类、项、目依次划分本单位的全部档案,将一类分为十项,一项分为十目,以下子目、细目都以十为限类推。这一分类法因民国27年日军入侵而未普遍实行。

民国34年,多数机关根据省民政厅规定,开始采用“门、类、纲、目”分类法分类立卷。管卷室将本单位的档案主要按机构——职掌进行分类,每类分为十纲,每纲分为十目,目下分子目、细目,但不以十为限。

中华人民共和国建立初期,对旧政权档案进行整理,一般是按照立档单位划分全宗,按问题分类组卷。

1956年起,开始采用当时苏联的文书分类、立卷方法：一个全宗内的文件材料,先按形成年度分大类,在各大类内再按问题或组织机构分小类,然后根据文件材料的六个特征(作者、通讯者、问题、时间、地区和名称)立卷。但在立卷的实际工作中,由于偏重问题特征,又没有区分文件材料的来源、级别和价值,以致出现按问题“一杆子到底”立卷的现象。

1957年后,各县按照全省统一制定的《湖南省国家机关积存档案整理工作暂行办法》,对新中国建立后形成的积存零散文件进行系统整理。1958年4月,临湘率先完成整理任务,成为境内第一个“无积存档案县”。此后,其他各县也相继完成整理任务。至1958年底,共整理积存零散文件9.5万多卷。

1958～1959年,各县档案馆相继建立,陆续整理馆藏的革命历史档案、撤区并乡档案和县级机关、事业单位档案,共2.6万余卷。在档案整理工作中,根据省档案局提出的“以问题为主,分级立卷”的调整案卷工作意见,纠正按问题“一杆子到底”立卷的方法,但在执行中又出现绝对分级(即机械分级)立卷的毛病。到1961年后,改为“以问题为主,适当分级”立卷。各县档案馆采用这一方法,对以前整理不合格的档案进行全面调整。

1959年,企业档案部门按照各专业主管部门的要求,抓住专业技术工作的特点,照顾科技文件材料的成套性,陆续整理本单位的科技档案资料,到1960年底,企业共整理6000多卷(册)。

从1964年起,档案馆(室)按照国家档案局关于档案要“少而精、少而全”的要求,对新中国建立后形成的馆(室)藏档案,进行全面清理、鉴定。鉴定时,逐卷逐件进行,将过期档案、不需保存的档案、重份档案、全宗间的重份案卷剔除出来,对需保存的档案,从机关职能、文件内容、文件之间的联系三个方面来判定其价值,确定保管期限,按不同保管期限拆卷,再根据“以问题为主,照顾价值,适当分级”的原则重新立卷。到1965年底,各县档案馆共清理、鉴定档案3.5万多卷。各县直机关档案室在完成1964年档案清理鉴定任务后,对1963年以前形成的档案进行鉴定、调整。这项工作一直到1966年“文化大革命”前夕才结束。

“文化大革命”开始后,档案整理、鉴定工作无法正常进行。1971年全省档案鉴定工作新化现场会后,根据会议制定的档案鉴定分类的战备方案,对馆(室)藏档案进行“清、精、轻”,提出档案“砍得越多越好,留得越少越精”,甚至出现对清理过的档案用秤称来判断鉴定效果的作法,以致大量具有保存价值的档案被清出。至1972年,被清出的档案占馆(室)总藏量的65%,其中有的档案馆有70%的档案被清出,有些档案室被清出的档案也在70%以上。华容县胜峰公社钢铁大队档案室收藏的80公斤档案,经过“清、精、轻”后只剩2.5公斤。

1973年起,档案馆(室)开始对在“清、精、轻”中被清出的档案进行复查鉴定。遵照省档案局提出的“鉴定档案要注意原基础”和“暂不销毁”的意见,根据“留者有用,去者无误”、“文件价值的鉴定服从文件的完整性”、“留者宽,去者严”的指导思想,对被鉴定档案采取三种处理方法:对需要保存的,分别进行核对插卷或重新组卷；对不需保存的,进行登记,暂存备查；对重复件暂不销毁。到1982年,这项工作基本完成,仅地、县(市)档案馆就已鉴定2.9万多卷档案。

“文化大革命”结束后,档案馆(室)对“文化大革命”期间被搞乱的档案进行整理。1978年9月,岳阳地区召开科技档案工作桃林铅锌矿现场会,415个企业、1381人参加科技档案大会战,到年底,共整理科技档案1.27万多卷(册、袋、盒)。1978年以后,境内文书档案采用“四分四注意”的立卷方法,即分年度,注意文件内容针对的时间；分级别,注意上下级和本单位文件之间的密切联系；分问题,注意问题的准确性,结合运用作者、名称、通讯者、地区、时间特征；分保管价值,注意事件的完整性。到1982年底,综合档案馆整理档案4.6万多卷,地、县(市)直机关档案室整理档案10.35万卷,整理质量有明显提高。

1984年后,根据中共湖南省委办公厅、省政府办公厅《关于人民公社体制改革后乡级档案管理问题的通知》和省档案局《关于乡级档案工作若干问题的意见》,各县辖区、乡(镇)档案室,陆续对人民公社时期形成的档案进行系统整理,到1988年底,共整理13.32万余卷。

1985年8月～1987年8月,1100多个独立核算单位按照国家制定的《会计档案管理办法》和省、市档案、财政部门的有关规定,对1984年以前形成的积存会计文件材料进行系统整理,整理后的会计档案共86万多卷(册)。

1986年起,档案馆(室)按照《地、县档案馆档案管理若干规范》、《机关档案工作业务建设规范》和国家有关专业主管部门制定的各种专门档案整理办法、各种科技档案分类大纲等,对其收藏的各类档案进行规范化整理。市、县(市)两级综合档案馆的22万多卷档案均按规范划清全宗,理顺档号；馆藏的9万余册资料均按《中国图书资料分类法》,结合实际情况进行分类整理。岳阳市城建档案馆按照城乡建设环境保护部颁发的《城市建设档案分类大纲》,整理馆藏的1.86万多卷城建档案和有关资料。各级人民法院档案室根据最高人民法院和国家档案局颁发的《人民法院诉讼文书立卷归档办法》等文件,对解放后形成的诉讼档案进行系统整理,岳阳市中级人民法院档案室整理3万多卷。

1988年后,市、县(市)两级综合档案馆按照国家档案局制定的《档案馆开放档案暂行办法》,陆续对自形成之日起已满30年的4万多卷档案逐件进行鉴定,以确定其是否能向社会开放；对馆藏旧政权档案重新编制案卷标题和卷内文件目录,并进行技术整理。1999年,岳阳市国土局向全市国土管理单位推广湘阴县国土局实行的“各类用地档案联审流转表”制度,改国土档案材料股室分散立卷为档案室集中立卷,建立以国土用户为主的地籍专门档案。