根据职责，市卫健委设下列内设机构：
（一）办公室。负责机关日常运转，承担安全、保密、政务公开等工作。
（二）规划发展与信息化科（体制改革科、市深化医药卫生体制改革领导小组办公室）。承担健康岳阳战略协调推进工作，组织拟订全市卫生健康事业中长期发展规划，指导卫生健康服务体系及信息化建设，组织开展卫生健康统计工作。承担市深化医药卫生体制改革工作，研究提出全市深化医药卫生体制改革政策、措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。
（三）疾病预防控制科。组织实施传染病公共卫生干预措施、疫情监测、风险评估，提出预警决策和 启动应急响应建议。指导医疗机构开展疾病预防控制工作，规划指导传染病监测预警体系建设，审核疾病预防控制机构监测预警规划并指导开展相关工作。负责疫情网络直报，建立疫情信息通报和共享机制。
（四）职业健康科（市血吸虫病防治办公室）。组织实施国家、省职业卫生、放射卫生相关政策、标准。负责职业卫生、放射卫生管理工作。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。拟订全市血吸虫病防治工作政策，协调有关部门开展血吸虫病的综合防治工作，负责全市血吸虫病防治的业务技术管理。
（五）医政科。承担拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量、医疗安 全、医疗服务等行业管理政策规范、标准并监督实施工作，承担推进心理健康和精神卫生、护理、康复事业发展工作。拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度等。负责拟订医养结合政策措施，承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作。
（六）基层卫生健康科。拟订全市基层卫生健康政策、规划、标准和规范并组织实施，指导基层卫生健康服务体系建设和乡村医生的相关管理工作，组织实施国家基本公共卫生服务项目。
（七）医疗应急科。组织协调传染病疫情应对工作，承担医疗卫生应急体系建设，组织指导各类突发公共事件的医疗救治和紧急医学救援工作。拟订医疗监督、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策、标准并组织实施。拟订重大疾病、慢性病防控管理政策规范并监督实施。组织、协调、督办重大医疗违法案件的处理。负责人体器官捐献和移植的监督管理。
（八）科技教育科。拟订全市卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施。承担实验室生物安全监督工作。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作，协同指导医学院校教育。
（九）法规与综合监督科（行政审批科、食品安全标准与监测科）。承担公共卫生、医疗卫生等监督 工作，组织开展疾病预防控制工作的督导、检查和考核，查处医疗服务市场违法行为。开展职业卫生、放射卫生、环境 卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督检查工作，依法组织查处传染病防治、公共卫生重大违法行为。依法负责权限范围内的医疗机构设置许可、放射诊疗许可证、卫生 许可证发放，医疗机构麻醉药品、第一类精神药品购用印鉴卡核发，医师执业注册及职业证书核发，外国医疗团体来华短期行医审批等行政许可事项。组织开展食品安全风险评估。(联系电话：8393689）
（十）药物政策与基本药物制度科。贯彻执行国家药物政策和国家基本药物制度，拟订药物政策和基本药物使用管理措施并组织实施，开展药品使用监测、临床综合评价、短缺药品监测预警。提出药品价格政策和基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。
（十一）中医药管理科（中医药管理局）。拟订全市中医药事业发展规划及相关政策并组织实施，指导全市中医服务体系建设，会同有关部门实施中医执业资格许可制度。负责全市中医药、中西医结合科研工作。推进中医药的继承与创新，加强中医药行业监管。
（十二）妇幼健康科。拟订妇幼卫生健康政策规划、技术标准和规范并组织实施，推进妇幼健康服务体系建设，指导管理全市妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作、母婴保健监督管理。
（十三）人口监测与家庭发展科。承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，贯彻落实生育政策，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度。统筹推进婴幼儿照护 服务发展，协调相关部门做好对婴幼儿照护服务机构的监督管理。
（十四） 爱国卫生工作科（市爱国卫生运动委员会办公室）。贯彻执行全国爱国卫生工作的政策和法律法规。拟订全市爱国卫生工作中长期规划并组织实施。统筹协调市爱国卫生运动委员会和各成员单位工作责任的落实。组织开展卫生创建和城乡环境卫生评价工作，组织推进健康城市、健康村镇建设。组织开展病媒生物防制工作，负责全市病媒生物防制工作的技术指导。承担市爱国卫生运动委员会的日常工作。承担健康岳阳战略协调推进工作、统筹协调全市健康促进工作。
（十五）宣传科。组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布工作。
（十六）财务科（审计科）。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作。
（十七）人事科（人才工作办公室）。拟订卫生健康人才发展政策，承担机关和直属单位的人事管理、机构编制和队伍建设等工作，负责卫生健康专业技术人员资格管理。综合协调对外交流合作与援外工作，承担机关和直属单位出国（境）管理工作。
承担全市卫生健康高层次人才培养管理和服务保障职责。
（十八）机关党委（纪委）。负责机关和直属单位的党群、纪检工作。
（十九）离退休人员管理服务科（保健科）。负责离退休人员管理服务工作。负责重要来宾、重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作，指导全市保健工作。承担市保健委员会的具体工作。